Coronavirus, anche i supercomputer in campo per trovare la cura

09 marzo 2020Supercomputer contro l'epidemia. Può sembrare il titolo di un film di fantascienza, invece è il progetto considerato "di riferimento in Europa per contrastare il coronavirus con il supercalcolo". E anche iI super-cervellone del Cineca è al lavoro all'interno di questo studio per trovare le cure migliori contro il coronavirus. Il maxi-computer del consorzio interuniversitario con sede a Bologna, infatti, fa parte di una cordata europea che si è aggiudicata un finanziamento di tre milioni di euro da parte della Commissione Ue. Il gruppo pubblico-privato che porterà avanti la ricerca, guidato dalla Dompé farmaceutici, mette insieme 18 istituzioni e centri di ricerca in sette Paesi europei. Ed è di fatto a trazione italiana. Oltre appunto al Cineca, ne fanno parte anche il Politecnico e l'Università di Milano, la Federico II di Napoli, l'Università di Cagliari, l'associazione BigData, l'Infn e l'Istituto Spallanzani di Roma. Si tratta del progetto "Exscalate4CoV" ed è, di fatto, "la  piattaforma di supercalcolo più performante al mondo", capace di valutare "tre milioni di molecole al secondo", a partire da da una "biblioteca chimica di 500 miliardi di molecole". In questo modo, si conta di individuare "i farmaci più sicuri e promettenti per il trattamento immediato della popolazione già infetta a cui seguirà l'individuazione di molecole capaci di inibire la patogenesi del coronavirus per contrastare i contagi futuri".

La piattaforma di supercalcolo sarà integrata con sistemi di intelligenza artificiale, modellistica in 3D e misurazioni a raggi X per realizzare prima e validare poi gli esperimenti condotti in laboratorio. Saranno poi identificati i farmaci disponibili, o quelli in fase avanzata di sviluppo, che possono essere efficaci contro il virus, definendo insieme all'agenzia europea del farmaco "un modello di sperimentazione efficace per velocizzarne i tempi per l'impiego terapeutico". Ma si punta anche a individuare "i geni coinvolti nello sviluppo della patologia". I centri di supercalcolo del Cineca, del Bsc e dello Julich si occuperanno delle simulazioni sulle molecole, col supporto delle università milanesi. A valle degli esperimenti, l'Università di Cagliari completerà la valutazione biologica sui possibili inibitori della malattia, mentre il team di chimica medica della Federico II di Napoli sarà di supporto per la selezione dei migliori composti e si occuperà della sintesi chimica dei migliori candidati alle cure. Infine, una volta trovata la molecola migliore, sara' lo Spallanzani di Roma a realizzare i test sui pazienti.

Ibm: supercomputer Summit alleato in lotta a epidemia
Il Dipartimento dell'Energia degli Stati Uniti annuncia l'utilizzo del supercomputer Summit di Ibm, in forza all'Oak Ridge National Lab del Tennessee, come alleato nella lotta contro l'epidemia di Covid-19. La sua potenza computazionale, pari a 200 petaflop di picco (equivalenti a 200 milioni di miliardi di calcoli al secondo), riporta una nota di Ibm, è ciò che occorre ai ricercatori per districarsi tra miliardi di dati. La selezione dei composti che, in laboratorio, vengono messi a contatto con il virus per capirne la reazione resta un processo lento senza l'ausilio dei computer in grado di restringere il numero di potenziali variabili. Per Ibm i risultati appaiono più che incoraggianti: con Summit, i ricercatori sono già stati in grado di simulare 8mila composti nel giro di pochi giorni per modellare ciò che potrebbe influire sul processo di infezione e ne hanno identificati 77 con il potenziale di compromettere la capacità del Covid-19 di attaccare e infettare le cellule ospiti.

Vaccino costa 900 milioni di dollari
Novecento milioni di dollari, dall'inizio degli studi in laboratorio al momento in cui la formulazione è pronta all'utilizzo. Tanto verrà a costare il vaccino contro il nuovo Coronavirus SarsCov2, di cui vari prototipi sono allo studio, 20 in tutto secondo l'Oms. La stima è del presidente di Farmindustria Massimo Scaccabarozzi, che sottolinea come i costi medi per lo sviluppo dei vaccini siano alti ma molto dipenda anche dalla 'tempistica' con cui si riesce a sequenziare un nuovo virus. "Il costo medio per la ricerca e lo sviluppo di un nuovo vaccino - spiega all'Ansa Scaccabarozzi - si aggira intorno ai 900 milioni di dollari. I costi derivano ovviamente dalle varie fasi di sperimentazione necessarie per la messa a punto del vaccino: la prima fase è la sperimentazione in vitro; si passa poi alla sperimentazione su modelli animali e, infine, si arriva alle 4 fasi cliniche di sperimentazione sull'uomo. Va considerato che ogni fase richiede una numerosità di dati che vanno forniti e che devono essere relativi non solo a campioni ridotti ma anche, successivamente, a campioni molto numerosi. Questo, naturalmente, ha dei costi". Il costo per la produzione di un vaccino è comunque minore rispetto a quello richiesto per un nuovo farmaco, che si aggira intorno ai due miliardi. Quanto ai tempi, "mediamente sono necessari 1-2 anni per arrivare alla fase finale di sviluppo di un vaccino, ma molto dipende dal momento in cui è disponibile la sequenza virale. Nel caso del SarsCov2 - afferma il presidente di Farmindustria - la sequenza del virus è stata subito resa disponibile dalla cina e, dopo, il nuovo virus è stato anche isolato e sequenziato in italia, con un'aggiunta di informazioni e conoscenze". Ciò significa, sottolinea, "che si è iniziato a lavorare ad un vaccino molto presto ed ora si è già molto avanti, tanto che alcuni prototipi potrebbero arrivare alla fase dei test clinici sull'uomo entro pochi mesi". È però chiaro, precisa, che i "successivi tempi di produzione su larga scala saranno più lunghi ed implicheranno ulteriori costi". Attualmente, sono in fase di sviluppo una trentina di vaccini per il nuovo Coronavirus in tutto il mondo e, come ha annunciato il vicepresidente americano Mike Pence nei giorni scorsi, un vaccino potrebbe essere disponibile già a partire dalla fine dell'estate. Un gruppo di vaccini è allo studio anche in Cina, mentre un progetto italiano (dell'azienda di biotecnologie Takis e del consorzio europeo Euimmuncov) è quasi pronto per iniziare l'iter della sperimentazione prima negli animali e poi nell'uomo.